-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathconsest.aligned.fasta.nexus.std.ckp
112 lines (109 loc) · 14.9 KB
/
consest.aligned.fasta.nexus.std.ckp
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
#NEXUS
[ID: 5293708744]
[generation: 10000000]
begin trees;
translate
1 _007040a_0,
2 _007040a_3,
3 _007040a_9,
4 _007040a_14,
5 _007040a_25,
6 _007040a_41,
7 _007040a_52,
8 _007040a_59,
9 _007040a_79,
10 _007040a_86,
11 _007040a_98,
12 _007040a_110,
13 _007040a_115,
14 _007040a_121,
15 _007040a_128,
16 _007040a_144,
17 _007040a_155;
tree mcmc.tree_1 = ((14:3.212077695184545e-02,15:4.470793093728572e-02):4.979145807746825e-02,(((7:1.792756128315666e-03,((3:5.585784685223900e-03,(16:1.103771961257296e-01,5:3.159600445563180e-02):3.375919105556650e-02):1.852939462358679e-02,(13:3.019291861076909e-02,12:9.725084051042734e-03):1.398862181669470e-02):6.389000914104243e-03):4.940688769400976e-02,6:6.717066097358407e-02):6.464313425980439e-02,((((((8:2.432500186240303e-02,11:4.195539678989123e-03):7.353370145553534e-03,17:1.544118077219366e-02):9.813245340579315e-03,9:3.701554562534786e-04):2.543270314048699e-04,2:8.074014795997246e-03):1.989262435195330e-02,10:1.728907649456465e-02):3.600060315947925e-02,4:3.556483216297986e-02):3.166705458723108e-03):2.391964244567554e-03,1:2.015507081997368e-03);
tree mcmc.tree_2 = ((6:4.148740151740939e-02,3:3.008405724579497e-03):1.532531245298239e-03,((4:1.301251211547795e-02,(5:1.306727910814567e-02,16:4.064371772921675e-02):2.797360056339277e-02):1.439356532874055e-02,(12:1.059073855251559e-02,((((15:6.271687023573126e-02,8:1.272412596927411e-03):4.471463828905599e-03,14:1.813524837675528e-02):1.002697942036977e-02,11:2.648493579411760e-02):4.601830490286497e-03,(9:2.873530910335217e-03,(2:4.677226262659641e-03,((13:1.463005622458174e-02,7:9.496221802397505e-04):2.709811610264876e-02,(10:2.579782410809675e-02,17:2.557137767152471e-02):1.783174506917119e-02):1.790302531470991e-02):1.644586939083761e-02):2.454228479330844e-02):1.193031487914390e-02):2.945457358048415e-03):6.991636453957179e-03,1:8.901765092976018e-04);
tree mcmc.tree_3 = (9:1.397333513500091e-02,((6:7.906788579199854e-02,(11:2.871564134157416e-02,((15:1.530843351026879e-02,14:8.074557997007836e-02):5.076693759507826e-02,((8:7.585617587969179e-03,(5:1.835156862595061e-02,16:1.661672511021045e-02):1.619473036997417e-02):8.136454933656643e-03,(7:4.297176038423930e-03,17:3.878265741150400e-02):2.978035206576982e-03):5.534461421766191e-03):4.220015418443800e-02):3.389216067228654e-02):1.773290225030358e-02,(12:1.018388950359737e-01,(2:2.178442773863464e-03,(((13:2.426943340944239e-03,3:3.547000308872552e-03):4.619453830541067e-02,10:3.964904201854465e-02):5.984352454055717e-03,4:1.548600791383001e-03):2.746868680857786e-03):7.298706145763076e-03):3.647978508158455e-03):2.110474707570205e-02,1:1.327023962670993e-02);
tree mcmc.tree_4 = (((((15:5.450711998253748e-02,17:4.825927388895977e-02):1.093035870935966e-02,14:1.676861814201917e-02):8.969583145280995e-03,13:1.846010195518303e-02):3.422546242538943e-02,(11:3.184133871664465e-03,((4:7.439879473780445e-03,((10:5.818766801919025e-03,(9:2.673612628665024e-02,8:4.872340549193820e-02):5.150004799504523e-04):1.885285384985961e-02,(7:1.910728763856772e-02,(2:1.503432383434296e-02,(6:6.614259434070609e-02,(16:5.067032288162454e-02,5:3.813201088499332e-03):3.185874680962331e-02):3.028167612697203e-02):2.152764646401089e-03):1.308173398485171e-03):1.185064041451855e-01):9.530054395718014e-03,3:3.571961742471165e-02):9.751081918245941e-03):1.947590359064741e-02):1.774889743241370e-02,12:4.863056485632188e-03,1:4.290038897999304e-02);
tree mcmc.tree_5 = (6:3.531437625481835e-02,(((((3:2.435816974678219e-02,(11:2.309668336276136e-02,9:9.600566583540434e-03):1.241185454437402e-02):4.931139314339605e-03,8:1.757734998609462e-02):1.200519892381293e-02,10:3.621092492848791e-02):1.322641794728186e-03,17:2.595227256226135e-02):1.700520008187536e-03,(((((15:4.878535439764594e-02,4:3.019577074337728e-02):3.562059026745452e-02,13:8.045104520358063e-03):2.628994281534195e-02,14:3.341498584679205e-02):1.724104611621233e-02,(12:1.003953570634478e-02,2:6.082505740131301e-02):1.345462171966785e-02):1.054438354691215e-02,(7:2.867305522173868e-03,(16:2.607710485002044e-02,5:4.914989375694000e-03):4.969016433498676e-02):1.708277611707685e-02):5.802540633200183e-03):1.936717730688148e-02,1:1.711519020501112e-03);
tree mcmc.tree_6 = (((((4:1.463339896913497e-02,((5:3.039017263189230e-03,16:9.043028445864891e-02):3.244036518570341e-02,(3:3.533085297763728e-02,12:3.790322163297586e-03):2.589721809420718e-02):1.826267542164450e-02):9.798990125537962e-03,(6:3.243825584496757e-02,(9:4.854719160965039e-02,13:1.989138512469424e-02):9.814812533758233e-03):1.711592458402704e-02):2.037506712071873e-02,(11:1.101253959232620e-02,7:8.149959206078998e-04):1.431400541182994e-01):8.295382799739624e-02,((17:2.093470753608685e-02,8:2.038215935156785e-02):6.470807341264975e-03,2:1.330340129295896e-03):3.492049796141664e-02):2.036648449059819e-02,(10:7.691352373560385e-02,(14:2.310854787806072e-02,15:6.224000419585911e-02):4.054025270941889e-02):3.818260061417248e-03,1:1.034693895061215e-02);
tree mcmc.tree_7 = (14:4.255337277302866e-02,(((5:1.292501176114267e-02,((16:2.903773439669245e-02,4:6.391682045378428e-04):5.329716355571448e-03,13:1.843857624820030e-04):2.251578172788533e-02):4.726201281509054e-02,(((8:8.910966939443363e-03,6:9.795910161236547e-02):2.415814330339223e-02,(12:3.037556465036305e-02,3:1.610979153844793e-02):1.003256570192705e-02):8.689667833742334e-03,(10:1.479750982910312e-02,9:2.290945622582216e-02):1.764564925640359e-03):1.919453557381516e-02):1.901725581717642e-02,(((7:1.153517155163391e-02,2:1.196698301410756e-02):9.985963794643159e-03,17:4.671786563352471e-02):2.228832628884881e-02,(15:1.393579300644124e-01,11:1.431677326021522e-02):2.795332042171549e-03):3.873750487094142e-03):2.258234656937753e-02,1:1.516187470385957e-02);
tree mcmc.tree_8 = (((7:1.589492005504832e-02,11:9.476917826016572e-03):5.234401782299147e-02,(10:8.070876175847201e-03,((4:2.414956346391754e-02,(((((16:6.939272833518946e-02,5:6.569588659173608e-03):1.825017618513610e-02,13:7.212592508362798e-03):3.504403068369970e-02,(12:6.953498400569055e-03,((17:9.928883671892801e-03,15:2.408733110992588e-02):9.360764369161997e-03,14:9.461661439324942e-03):8.921760339385380e-02):2.014080469320796e-02):1.566076359730203e-04,8:1.533029100483383e-02):5.753039236978923e-02,6:4.907408340190759e-02):2.635515434537394e-02):9.751910732993729e-03,3:4.227824889767097e-03):4.300210511774789e-03):8.035890004545059e-04):6.946788015704368e-03,(9:6.675331566662769e-03,2:1.506176856369443e-02):4.855906076697254e-02,1:3.533863017176357e-03);
tree mcmc.tree_9 = (7:9.865257422375055e-02,((6:3.417376937648122e-03,(15:9.917959329341795e-02,14:3.639236634888238e-02):3.981960454828341e-02):1.158684341993659e-03,(((11:1.512803953878881e-03,((13:5.922593963951042e-02,((5:4.445333546869159e-02,16:3.923755210231511e-02):4.575165255812721e-02,4:2.969712991579850e-02):1.397342498881496e-02):5.722156796033318e-02,(9:1.632370766361054e-02,12:2.179546070145668e-02):4.844554253956648e-05):2.266228690636038e-02):2.813308844229683e-02,3:2.233029987249253e-04):1.326627225018524e-02,((8:2.320465729594598e-02,17:5.716153820559253e-02):4.704949148327423e-06,(10:1.989235907699529e-02,2:3.720915303765170e-02):1.057409452358230e-01):3.923623253437158e-02):7.483243814291370e-02):3.237851015375258e-03,1:9.664477042740974e-02);
tree mcmc.tree_10 = ((((10:9.527435512162287e-03,6:7.356716922539275e-02):1.418542447510017e-03,9:9.340365459303035e-03):5.054058101698637e-02,(7:4.595865502684062e-03,((11:9.091453303589837e-03,2:6.847761151550755e-04):1.584623865325781e-02,((((8:2.869128965550502e-04,((12:6.833615599314312e-03,17:1.062068046158915e-02):3.260894295856048e-02,(16:6.901152611731166e-02,5:2.302374876588254e-03):3.362447736495176e-02):2.500107768877748e-02):1.428324214961638e-03,4:2.787471122156680e-03):2.590064238423187e-02,(3:6.235247961890870e-03,15:4.677896731568039e-02):5.169260908932561e-03):8.018297444632110e-03,13:5.118094613722220e-02):7.897884505502632e-03):5.949193609962262e-03):8.490474781854792e-03):2.454019869331674e-02,14:7.938855098549985e-02,1:4.764514258845702e-02);
tree mcmc.tree_11 = (((4:4.431642608185865e-02,3:3.785885867367027e-02):6.003907973681914e-02,(9:2.024710244819085e-03,((6:8.591094502550689e-02,((8:4.714658677716494e-03,(17:2.713227225962304e-02,((15:7.651417168610217e-02,14:5.755633834704800e-02):5.346984057941720e-02,7:1.221563897923351e-02):7.328295353124307e-04):2.813386588652409e-03):4.291967636025566e-02,(11:4.676211595939047e-03,2:2.338434020942675e-02):2.294696374366712e-03):2.089202816470727e-02):4.269743852955347e-02,(10:1.086549942549037e-02,(12:1.283703782942073e-02,13:1.847129048788602e-03):3.793510631049668e-03):8.144609638439312e-03):8.001940233923763e-03):2.770665634583074e-04):1.236908646230573e-03,(5:4.346165543381938e-02,16:8.363970313835879e-02):9.663692960131781e-02,1:1.332352167172798e-02);
tree mcmc.tree_12 = ((((((13:2.122517291317451e-03,6:2.004886150203505e-02):9.552927041737110e-03,((7:7.967411898883872e-03,2:6.460692954179902e-03):7.452805909340506e-03,3:3.232898649469984e-02):4.430155888355866e-02):2.378234269865829e-03,8:3.299559362074874e-03):2.091130794470761e-02,12:2.069772887850763e-02):2.187033025707720e-02,((10:2.055181531625089e-02,9:2.267273728875024e-02):2.362051062206173e-02,17:1.148589285059198e-03):4.029728267276028e-03):1.862389384603387e-02,(((11:1.436254114239160e-02,4:1.939816905951996e-02):4.499638693756264e-03,(5:4.180427771327793e-03,16:6.815939209565774e-02):8.165185397506344e-02):1.540963717209705e-02,(15:3.788455198227395e-02,14:2.645379275333670e-02):2.604048580383877e-02):1.809258323559383e-02,1:1.034431206132145e-02);
tree mcmc.tree_13 = (8:4.277896150796853e-03,((6:6.575701541346259e-02,(11:1.176438045306365e-02,(((((((13:7.720208524287487e-03,15:1.754861654999687e-02):1.994838115562234e-02,(14:2.162451892890254e-02,17:7.520547445050710e-03):1.595492032510638e-02):3.051914733321541e-02,7:4.095054579296518e-02):1.385644074488686e-03,(16:5.952127186667040e-02,5:1.569652158547076e-03):6.196660602910537e-02):2.937645191736482e-03,9:2.786202437428754e-03):4.835198760952241e-04,4:2.114304056286719e-02):2.238175997109548e-03,2:1.887579542963460e-03):6.482068166461226e-03):1.492346298756116e-03):1.599631914756633e-03,((10:8.032683432157198e-03,12:8.577832339967447e-03):2.098487039012324e-02,3:2.856798970633975e-03):1.388565702073423e-02):1.698287801860028e-02,1:1.400069139125847e-02);
tree mcmc.tree_14 = ((13:3.252399335968007e-02,(8:2.220646040230311e-02,((12:6.081085474597915e-03,(10:4.154178930598705e-03,9:7.361734892312365e-03):2.143757715189858e-02):5.836252324066715e-03,(2:5.970576187775190e-02,(7:1.529095776765454e-02,((5:6.671199213257089e-03,16:5.109562135377455e-02):4.239164656428641e-02,(11:2.368454328040735e-03,6:4.305759380774395e-02):2.774083931388273e-02):9.546415248729771e-02):1.054730932065630e-03):2.481805736737214e-02):8.101680269255148e-03):4.949968545368260e-02):4.679442675960190e-03,(3:7.261173400576403e-02,(((14:6.351724710647740e-03,17:5.492397173379853e-02):2.717534171347431e-02,15:3.523410476903692e-02):1.655274903280180e-02,4:2.266763476531295e-03):3.671983083024682e-02):8.378061820691174e-03,1:4.011090142984879e-03);
tree mcmc.tree_15 = (((((8:1.381775087877474e-03,((((((14:7.279767156784027e-03,13:1.795083946109117e-02):1.508027391659401e-02,4:2.227522923296027e-04):5.301834739641588e-04,15:5.504136283864949e-02):9.958782097519991e-03,3:4.702096883868120e-02):3.675898430103171e-02,6:1.498803667675616e-02):1.046158086119658e-02,((2:3.363593242403115e-02,(16:3.257825331782022e-02,5:3.608007000345990e-02):2.766388518575797e-02):5.526165482075832e-03,7:2.652231401856437e-02):1.275796409620358e-02):2.025682931550933e-04):1.767590955495288e-03,(12:2.378544845100947e-03,10:4.767995214179455e-03):1.470791658976461e-03):2.293925398604419e-03,9:5.043655028743764e-03):1.440856197926694e-02,11:2.150734658564441e-02):1.052480901011700e-02,17:2.681245025008700e-02,1:1.323136342837407e-02);
tree mcmc.tree_16 = (9:4.442244752311187e-05,(((((14:5.337379846882415e-02,17:2.166533036901077e-02):3.572734437561986e-02,11:1.266710248028028e-02):1.325984866050398e-02,(3:7.814427709470441e-03,(4:4.691437689570679e-02,(6:1.045415239785545e-01,((5:1.738310265769345e-02,16:5.053799482560006e-02):4.029627828116718e-02,7:6.782367987992719e-03):5.378550665156454e-03):8.152868564788547e-02):3.848760332251816e-03):1.010939857523922e-02):3.254898319338373e-03,((10:1.444390716029005e-04,2:3.821417132420746e-02):7.859315402443146e-02,12:2.061462004651271e-02):1.729016093380243e-04):7.643376055052299e-03,(13:2.736589675837358e-03,(15:1.218838973352304e-01,8:2.979507483141068e-02):3.412168812246899e-04):1.988353912680871e-02):4.120864809104689e-03,1:2.034424788523499e-02);
end;
begin mrbayes;
startvals
Tau(1,1)=mcmc.tree_1
Tau(1,2)=mcmc.tree_2
Tau(1,4)=mcmc.tree_3
Tau(1,3)=mcmc.tree_4
Tau(2,3)=mcmc.tree_5
Tau(2,4)=mcmc.tree_6
Tau(2,1)=mcmc.tree_7
Tau(2,2)=mcmc.tree_8
Tau(3,4)=mcmc.tree_9
Tau(3,3)=mcmc.tree_10
Tau(3,2)=mcmc.tree_11
Tau(3,1)=mcmc.tree_12
Tau(4,1)=mcmc.tree_13
Tau(4,2)=mcmc.tree_14
Tau(4,3)=mcmc.tree_15
Tau(4,4)=mcmc.tree_16
V(1,1)=mcmc.tree_1
V(1,2)=mcmc.tree_2
V(1,4)=mcmc.tree_3
V(1,3)=mcmc.tree_4
V(2,3)=mcmc.tree_5
V(2,4)=mcmc.tree_6
V(2,1)=mcmc.tree_7
V(2,2)=mcmc.tree_8
V(3,4)=mcmc.tree_9
V(3,3)=mcmc.tree_10
V(3,2)=mcmc.tree_11
V(3,1)=mcmc.tree_12
V(4,1)=mcmc.tree_13
V(4,2)=mcmc.tree_14
V(4,3)=mcmc.tree_15
V(4,4)=mcmc.tree_16
;
propset
Multiplier(V)$lambda(1,1)=1.289235190515810e+01
Multiplier(V)$lambda(1,2)=1.263706623323980e+01
Multiplier(V)$lambda(1,4)=1.263706623323980e+01
Multiplier(V)$lambda(1,3)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(2,3)=1.238683555631125e+01
Multiplier(V)$lambda(2,4)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(2,1)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(2,2)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(3,4)=1.238683555631125e+01
Multiplier(V)$lambda(3,3)=1.341849876756830e+01
Multiplier(V)$lambda(3,2)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(3,1)=1.238683555631125e+01
Multiplier(V)$lambda(4,1)=1.289235190515810e+01
Multiplier(V)$lambda(4,2)=1.289235190515810e+01
Multiplier(V)$lambda(4,3)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(4,4)=1.263706623323980e+01
TLMultiplier(V)$lambda(1,1)=3.147581121694804e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,2)=2.934785185520867e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,4)=2.763876601412021e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,3)=2.934785185520866e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,3)=2.905583585014455e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,4)=2.819710612429140e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,1)=3.116262166245960e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,2)=2.994071778959059e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,4)=2.791654023056235e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,3)=2.876672545287873e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,2)=3.054556041030325e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,1)=2.994071778959060e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,1)=2.819710612429140e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,2)=2.994071778959059e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,3)=2.763876601412021e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,4)=2.682191703119527e+00
;
end;