-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathcumesset.aligned.fasta.nexus.std.ckp
111 lines (108 loc) · 14.1 KB
/
cumesset.aligned.fasta.nexus.std.ckp
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
#NEXUS
[ID: 6365030492]
[generation: 10000000]
begin trees;
translate
1 _002000_4,
2 _002000_10,
3 _002000_15,
4 _002000_26,
5 _002000_42,
6 _002000_53,
7 _002000_63,
8 _002000_71,
9 _002000_80,
10 _002000_87,
11 _002000_99,
12 _002000_111,
13 _002000_116,
14 _002000_122,
15 _002000_129,
16 _002000_145;
tree mcmc.tree_1 = (16:9.694182414013914e-03,((((((9:1.363598449702438e-03,((13:1.020008384788664e-03,3:3.330015802972253e-02):4.638799307748544e-03,2:7.827294216473003e-03):2.256768679016626e-02):1.555446669530648e-03,(15:1.166848511953438e-02,(8:1.213964211078767e-02,12:4.118983376319997e-03):3.047363528805031e-03):1.154081061874756e-02):2.405393645179713e-03,5:1.831571601487908e-02):1.573281704933660e-02,4:1.337817447459361e-04):2.799610118601648e-03,14:7.060164831219564e-03):3.139006433163751e-02,(((6:7.310663808603313e-03,7:1.256281262748719e-02):3.009451700971625e-03,11:1.365844720505309e-02):1.150566953407240e-03,10:8.994207512265038e-03):5.578867757629722e-03):4.546523740470206e-04,1:9.273930796736465e-04);
tree mcmc.tree_2 = (((5:1.439807606749449e-03,(((8:3.431333851522801e-02,12:4.235667524181990e-03):4.026818784730463e-03,15:2.089595578812143e-02):8.595943183641996e-03,(((14:1.258590691565731e-03,(13:2.153293491320271e-04,(2:3.741138052022443e-05,3:1.333141557635003e-02):2.122303077971419e-02):4.002484371129769e-03):3.819072401330600e-03,9:5.190038925090175e-03):3.418990348663430e-03,16:1.745087447377965e-03):4.733785072226153e-03):4.291794781677924e-03):3.484954285811648e-03,10:3.204959998245477e-03):4.831063377581243e-03,(4:3.724557166731046e-03,((7:1.624109127810443e-03,11:7.620810738382320e-03):1.613814047783937e-03,6:9.012483810533854e-03):1.385837824145708e-03):3.032943353164466e-04,1:3.497309336071321e-03);
tree mcmc.tree_3 = (((8:3.694826507664127e-03,(12:2.117379557173574e-03,15:6.379857931717452e-03):1.628338950781738e-02):6.343002083655940e-03,(11:3.069449794217505e-04,((2:2.485116041936167e-03,((9:4.711756773311314e-03,13:4.338906231452420e-03):8.352090355722626e-03,3:1.221677788468295e-03):1.401048808884574e-03):5.129696642500167e-03,14:2.706523100504460e-03):4.030831679779338e-03):2.538626709430505e-03):1.155771477893911e-03,((((6:1.621957583114672e-02,16:1.947092705859335e-03):3.596047037319920e-02,(4:6.863005250866230e-03,5:4.181989495184524e-03):6.460735454760167e-03):7.650392856785511e-04,10:5.849564076521765e-03):8.635040961926403e-03,7:1.169817605400115e-02):8.602444928315368e-04,1:1.435693669297914e-03);
tree mcmc.tree_4 = (((4:1.326644010169668e-02,((9:2.688484394488170e-03,(2:9.676229695635927e-03,(13:3.364660986771454e-03,3:2.045455887665325e-03):1.030296214796298e-02):4.513857869376327e-03):1.303343662242072e-02,(16:3.516964966902841e-03,14:1.182272407763315e-04):1.134464945910859e-03):5.018752509699229e-03):8.703237355794942e-04,(7:6.867154226904156e-03,10:4.098450577975303e-04):1.336041549821849e-05):1.635546820284165e-04,(((11:6.132635299872183e-03,5:1.365510748725692e-02):3.208148982209899e-04,(12:5.192350494096558e-04,(8:1.125835309106304e-02,15:1.240559278324396e-02):1.541670600962000e-03):1.217112359099969e-02):1.062753809641048e-02,6:9.219574981533774e-03):1.110735453828789e-03,1:5.343657753003551e-03);
tree mcmc.tree_5 = (16:2.305646500489902e-03,(((((9:8.545572827873759e-03,3:1.317108352791574e-04):3.865433212922563e-04,(13:7.809402334053181e-04,2:7.361446874014565e-03):2.985025122358813e-03):2.756177671094890e-03,4:1.298508578814535e-03):1.688414946457223e-03,14:1.369865401878584e-03):5.777226312269574e-03,(((7:2.297840199761641e-03,11:7.839381540191599e-04):3.209258455864351e-03,(5:2.566625523697829e-03,10:3.339012123410609e-03):1.199338686901641e-03):3.008551234636683e-03,(6:2.049994767997905e-03,((15:6.911117198203895e-03,12:1.272607488044092e-03):6.882751674525329e-04,8:5.681520222729582e-03):1.429598541836456e-02):3.395534267414483e-03):1.644924383929399e-03):9.505880271780419e-04,1:8.041879763951704e-03);
tree mcmc.tree_6 = (7:1.059530502913662e-03,((((6:2.923046161663424e-03,(11:6.033707055925702e-03,16:3.519871218848237e-04):1.184543935669728e-03):3.874040598886915e-03,10:1.059805829038994e-02):4.741010215920559e-03,5:4.124248907388124e-04):4.081844785936565e-03,(((2:1.990619574211613e-03,((13:3.906087232190397e-03,9:2.940726610898448e-03):9.699071651064791e-03,3:4.932079075504106e-03):2.637318524350223e-03):2.157951904429200e-03,(((12:1.251659279807310e-02,15:2.473323160063511e-02):6.079411773175980e-04,8:1.148293410601630e-02):6.769996438829111e-03,4:7.493453586714950e-04):8.406915877672956e-03):1.073564391149806e-03,14:1.494894819173961e-02):3.737040234078558e-03):8.111426733097764e-03,1:8.843952015583994e-06);
tree mcmc.tree_7 = ((((7:1.169295091871357e-02,11:2.764387017642672e-03):1.228836321276482e-03,10:1.620519115315908e-03):2.438646591944210e-03,((((((8:2.123990939525812e-03,15:2.495898931356297e-03):7.634811370711312e-03,12:1.140181213219736e-02):1.950449577133775e-03,14:5.144084087245549e-03):1.047004505031465e-02,4:1.819854309736365e-03):1.055021235070164e-03,(((2:8.633447057945534e-03,13:1.157284721762815e-03):1.368195504560006e-03,3:3.522569928904643e-03):6.581358526842653e-04,9:2.790303366203369e-03):1.612080472164323e-02):9.078447397609020e-03,(16:3.720905595224141e-03,6:1.556277680481649e-03):2.014264327211134e-03):6.971362770957543e-03):2.383426207282781e-04,5:3.355922641575696e-03,1:4.231611558289456e-03);
tree mcmc.tree_8 = ((5:1.442962480555960e-03,(((((6:9.613148922407473e-03,8:4.678327264432465e-03):5.590532457804033e-04,12:1.358418364131630e-02):1.271350832801420e-02,7:5.959813895900942e-03):4.310654279647850e-03,((16:3.917297905242558e-03,4:1.920852448872455e-03):8.905712683690120e-03,(10:6.652455275921600e-03,((13:4.640328994187933e-03,(2:3.884689561284065e-03,3:5.208450956306398e-02):6.077572683450519e-03):1.938962227699743e-02,(9:6.483691831947645e-03,14:9.739006196001268e-04):1.603712553661122e-02):1.732774154075924e-02):2.077052541790254e-03):2.603424356440902e-03):1.271494279153582e-02,15:7.370642964471940e-03):4.086482569224256e-03):7.409470134351440e-03,11:1.878890064183057e-03,1:8.680288444153419e-04);
tree mcmc.tree_9 = (((14:5.281426742508899e-03,9:6.946089516667642e-04):2.631871456611014e-03,((13:2.512277100666220e-03,3:1.154334206558671e-04):3.540500841026847e-03,2:1.574113592026631e-03):1.020438121245884e-03):3.685957267522926e-03,(((7:2.020452318792118e-04,(11:1.979388497097070e-03,(((8:2.977758840839690e-03,15:2.224797454750130e-03):3.276536569695392e-03,12:3.055087401622655e-03):6.741600711388514e-03,(5:4.110802180979998e-03,(4:6.278487469468515e-04,6:8.004837625057422e-05):4.881269240000234e-03):3.268452309131040e-03):8.388778604626140e-03):1.451479673413990e-03):9.366588013733920e-04,10:7.178410816953751e-04):3.585214225377622e-03,16:1.601283391697202e-03):3.998451340318818e-03,1:5.149313525486413e-04);
tree mcmc.tree_10 = ((16:6.713638421675649e-04,5:3.341658330582518e-04):1.384248729625989e-03,(((10:3.827924200022988e-03,((((14:1.559836229030659e-03,(4:1.375977931567978e-02,3:2.700369268744844e-02):2.016775693087187e-03):5.433064944452745e-03,9:3.146575428445905e-03):6.300653514456824e-03,(2:6.252333321127204e-03,13:2.186653258822471e-03):1.575334126310288e-02):9.847961120194679e-04,6:1.835263138130212e-02):4.633711835474586e-03):2.587938648807347e-03,11:2.116026836747896e-03):1.570748843781895e-02,(7:1.762279061146279e-03,(8:1.479459191377674e-03,(12:3.657923704276899e-03,15:7.369648134992723e-03):4.907368192020129e-03):2.795409540792944e-04):1.162216050357648e-02):1.432820433458592e-03,1:1.178106270843791e-02);
tree mcmc.tree_11 = (((16:7.645133840412388e-03,6:8.890444334053862e-03):2.803320549381929e-03,10:1.617559728627054e-04):3.589647479599409e-03,((((((8:3.250336304255772e-03,15:1.794570978295591e-03):1.118346923797846e-03,12:1.025400710923808e-02):1.105289734735351e-02,14:5.655556766227359e-03):1.495643541189749e-04,((9:4.944905347640845e-04,(3:7.881469874959683e-03,13:2.536278707823652e-03):5.733349954315560e-04):3.243853541676549e-03,2:1.658549176652860e-03):7.661396313981138e-03):8.284887670827865e-03,4:8.152199982351909e-04):6.769474759760376e-03,((11:2.306738289950960e-03,5:1.731844732152041e-03):7.469606646904116e-03,7:5.201053541471181e-04):1.060063940202431e-02):4.881329492418051e-03,1:5.114740563913556e-03);
tree mcmc.tree_12 = (11:1.501080656834547e-03,((6:7.389694928343501e-03,7:9.153447919559878e-03):4.855509507280643e-03,(5:1.986223931275522e-03,((((3:7.506084801031495e-03,2:5.868297599870619e-03):5.089541127740636e-03,9:1.790048281300279e-03):4.403308627195857e-03,(((4:1.995577460078185e-03,(15:3.837763191826384e-02,(8:2.214398924268935e-02,12:5.081377804308348e-03):9.539513208134596e-03):1.965672201775296e-03):1.133141310663616e-02,(16:3.800030371309336e-03,14:6.868454783475302e-03):2.799528662804120e-03):6.543725282372933e-03,13:1.782380042924540e-02):5.780434179253076e-03):3.224251220474440e-02,10:8.519010339561582e-03):3.492071678209019e-04):8.374889045665787e-03):2.579636541210917e-03,1:5.142601365621511e-03);
tree mcmc.tree_13 = ((((15:3.754327200721919e-03,((8:1.029416424252719e-02,12:2.450269664048294e-04):9.846993408580166e-04,7:6.017606803197384e-04):1.750131499931672e-03):5.083420656023796e-05,(16:1.927844592293510e-03,(((4:9.259624658136317e-03,9:1.939454611417550e-03):5.590612179936156e-04,(3:1.248269795501416e-02,(2:2.837013654564630e-03,13:5.195063289083017e-04):3.391964645407137e-03):5.445676168903913e-03):1.275683171588551e-02,14:4.161373132955047e-03):5.166699397657577e-03):7.373992550807261e-04):1.465810855428487e-03,(10:2.223748108553622e-03,(5:2.878592676351690e-03,11:2.336811972803650e-03):7.545055172502538e-05):4.614682369764826e-03):2.295114443799756e-04,6:6.943067534836427e-03,1:6.565858821114438e-04);
tree mcmc.tree_14 = (4:5.653633349994695e-03,(((14:3.609793351327641e-03,((3:2.113076943555355e-03,2:6.592741441837248e-04):3.287076002776587e-03,13:1.038466943881949e-02):5.388154541611245e-03):3.177168257384715e-03,9:9.768840198369308e-03):1.695955028096284e-03,((10:1.699193650164698e-02,7:2.462934183796880e-03):1.084803524206362e-03,(((16:4.909761981952207e-03,5:4.634486845318506e-03):2.865696290415748e-03,11:1.083355128732285e-02):1.335015391697869e-03,(6:1.289194948079398e-03,((12:8.755143470624370e-04,15:3.039874589079289e-03):7.725974780934581e-03,8:1.071999490761142e-02):1.305112921103494e-02):1.119677989862141e-02):1.544055852523474e-02):6.863300501004918e-04):5.910179722278506e-03,1:8.373128191587498e-03);
tree mcmc.tree_15 = (((5:1.110621950494843e-03,(11:1.484405560490164e-03,(10:2.520970645585762e-02,6:1.776304454812016e-02):1.144408963371686e-02):1.622877058772641e-03):1.122344225835866e-02,7:1.557371233691936e-02):3.219613352903473e-02,(((4:9.783843638320453e-04,((15:1.736371051629312e-03,12:4.840949022289537e-04):1.318923056788269e-02,8:6.141883599191214e-03):6.899324249871751e-03):2.262391801668195e-03,16:2.592395502984001e-02):5.021324292425221e-03,((14:1.677323991910282e-02,9:2.680057097822811e-03):3.798449044958217e-02,(13:5.303378728571042e-03,(3:3.563766271992811e-03,2:9.611550359933841e-03):4.067273671228963e-03):6.206953658082998e-03):1.495389281084927e-02):6.904900686806843e-03,1:6.669733177423011e-03);
tree mcmc.tree_16 = ((6:7.656800689607986e-03,((4:2.717660578168102e-03,(7:2.190259330604008e-03,(((12:7.722682630728346e-04,(8:4.009276054192210e-03,15:5.047582654189258e-03):4.977456759920102e-04):6.924157847137207e-03,16:2.261135576892286e-03):1.494880100955414e-02,((14:2.115648011283208e-03,(13:9.700566321869922e-04,(2:3.011771827891869e-03,3:2.032166575379384e-03):2.467256621602490e-03):1.835112859603721e-03):4.092160394102744e-05,9:1.419151268621456e-02):2.940728006879721e-03):2.553441031743711e-04):1.334280316234146e-03):3.660535073661157e-03,(5:2.308754507734821e-03,10:1.343792507732602e-03):1.427239824608672e-02):4.055630410989896e-04):1.554242244439642e-03,11:4.007025420194488e-03,1:5.842623872196899e-04);
end;
begin mrbayes;
startvals
Tau(1,3)=mcmc.tree_1
Tau(1,2)=mcmc.tree_2
Tau(1,4)=mcmc.tree_3
Tau(1,1)=mcmc.tree_4
Tau(2,2)=mcmc.tree_5
Tau(2,3)=mcmc.tree_6
Tau(2,1)=mcmc.tree_7
Tau(2,4)=mcmc.tree_8
Tau(3,2)=mcmc.tree_9
Tau(3,4)=mcmc.tree_10
Tau(3,1)=mcmc.tree_11
Tau(3,3)=mcmc.tree_12
Tau(4,2)=mcmc.tree_13
Tau(4,4)=mcmc.tree_14
Tau(4,3)=mcmc.tree_15
Tau(4,1)=mcmc.tree_16
V(1,3)=mcmc.tree_1
V(1,2)=mcmc.tree_2
V(1,4)=mcmc.tree_3
V(1,1)=mcmc.tree_4
V(2,2)=mcmc.tree_5
V(2,3)=mcmc.tree_6
V(2,1)=mcmc.tree_7
V(2,4)=mcmc.tree_8
V(3,2)=mcmc.tree_9
V(3,4)=mcmc.tree_10
V(3,1)=mcmc.tree_11
V(3,3)=mcmc.tree_12
V(4,2)=mcmc.tree_13
V(4,4)=mcmc.tree_14
V(4,3)=mcmc.tree_15
V(4,1)=mcmc.tree_16
;
propset
Multiplier(V)$lambda(1,3)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(1,2)=1.341849876756830e+01
Multiplier(V)$lambda(1,4)=1.482973460215038e+01
Multiplier(V)$lambda(1,1)=1.341849876756830e+01
Multiplier(V)$lambda(2,2)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(2,3)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(2,1)=1.453608618251909e+01
Multiplier(V)$lambda(2,4)=1.289235190515810e+01
Multiplier(V)$lambda(3,2)=1.341849876756830e+01
Multiplier(V)$lambda(3,4)=1.396611809077236e+01
Multiplier(V)$lambda(3,1)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(3,3)=1.396611809077236e+01
Multiplier(V)$lambda(4,2)=1.368957042382055e+01
Multiplier(V)$lambda(4,4)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(4,3)=1.315279468973879e+01
Multiplier(V)$lambda(4,1)=1.289235190515810e+01
TLMultiplier(V)$lambda(1,3)=3.844464263570915e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,2)=4.334621353185630e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,4)=3.444002319234455e+00
TLMultiplier(V)$lambda(1,1)=4.695639255173722e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,2)=4.164658418864906e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,3)=3.656967528950123e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,1)=4.742831214255196e+00
TLMultiplier(V)$lambda(2,4)=3.276036344104514e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,2)=3.922127593380023e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,4)=3.548887804801571e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,1)=5.189483946592394e+00
TLMultiplier(V)$lambda(3,3)=3.768338770727443e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,2)=4.378185022031748e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,4)=3.513575781138246e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,3)=3.806211205003002e+00
TLMultiplier(V)$lambda(4,1)=4.695639255173722e+00
;
end;