gaussian-smp.sub

#!/bin/bash 
##########################################
# Opcions i parametres de l'SGE
########################################## 
# (1) Nom del treball (per identificar) 
#$ -N gaussian-smp-prova01
# (2) Recursos sol.licitats 
#$ -l h_rt=0:50:0 
#$ -l h_vmem=8G
#$ -pe smp 4
# (3) Fitxers de sortida 
#$ -cwd 
#$ -o gaussian-smp.out 
#$ -e gaussian-smp.err 
#$ (4) Envia un mail quan acava el treball.
#$ -m e 
#$ -M jblasco@fbg.ub.es 
##########################################
# Entorn d.usuari 
########################################## 
# Es carreguen els moduls a utilitzar 
module load gaussian
########################################## 
# transferencia de dades 
########################################## 
# Es copien les dades al directori on es llenc,aran els calculs. 
cd $TMPDIR
export Project=gaussian-smp
export Input=$Project
cp -pr $HOME/path/amb/els/input.com $Input
########################################## 
# calcul 
########################################## 
# executem el gaussian g03
g03 < ./test001.com > test001.log
########################################## 
# Transferencia dels resultats
########################################## 
cp -pr $Input $HOME/path/a/on/guardar/els/outputs/

Per enviar un càlcul de Gaussian en paral·lel cal:
Afegir en el input de gaussian el nombre de processadors a utilitzar %NPROCS=4
Afegir en el input de gaussian la quantitat de memoria a utilitzar %MEM=8GB
Afegir el Parallel Environment smp per que paral·lelitzi sobre la mateixa màquina (shared memory)
Gaussian no acostuma a escalar per sobre dels 8 processadors i depenent del tipus de càlcul, inclús menys, per aquest motiu recomanem utilitzar SMP (amb un sol node) en comptes de Linda (amb varis nodes)