Replace colon in some links

Escaping the colon for links starting with `biojava:`, since these could be confused with a URL protocol

Author: sbliven

_wikis/BioJava_CookbookFrench_DP_PairWise.md

@@ -9,7 +9,7 @@ Comment faire l'alignement de deux séquences grâce à un modèle probabiliste
 Une des tâches les plus communes de la bio-informatique est l'alignement
 de deux séquences. Deux algorithmes très communs pour réussir cette
 tâche sont les [algorithmes de Needleman-Wunsch et de
-Smith-Waterman](BioJava:CookbookFrench:DP:PairWise2 "wikilink"),
+Smith-Waterman](BioJava%3ACookbookFrench%3ADP%3APairWise2 "wikilink"),
 algorithmes capables de produire, respectivement, des alignements
 globaux ou locaux. Il est également très facile de faire ces alignements
 par paire (autant global que local) en utilisant un modèle de Markov

_wikis/BioJava_CookbookFrench_DP_PairWise2.md

@@ -67,7 +67,7 @@ La superclasse *SequenceAlignment* de chaque algorithme possède une
 méthode pour formatter la sortie de l'alignement. Par conséquent, si
 vous désirez écrire votre propre algorithme d'alignment ou si vous
 voulez utiliser [l'algorithme basé sur les modèles de
-Markov](BioJava:CookbookFrench:DP:PairWise "wikilink"), vous pouvez
+Markov](BioJava%3ACookbookFrench%3ADP%3APairWise "wikilink"), vous pouvez
 dériver votre classe à partir de la super-classe et appliquer la
 méthode.
 

_wikis/BioJava_Tutorial_Sequence_IO_basics.md

@@ -127,7 +127,7 @@ A `StreamReader` object might be constructed as follows:
     StreamReader stream = new StreamReader(br, new FastaFormat(), dnaParser, fact);
 
 (This is just a snippet from the example program in [chapter
-1](BioJava:Tutorial:Symbols and SymbolLists "wikilink"), and you may
+1](BioJava%3ATutorial%3ASymbols and SymbolLists "wikilink"), and you may
 like to refer back for more information.)
 
 The `StreamReader` class implements the `SequenceIterator` interface, so