Issue 1 - Hill fitting 폴더에 포함된 IC50_mcmc.R 코드경로 및 컴파일 에러 #3
Description
Issue 1 - Hill fitting 폴더에 포함된 IC50_mcmc.R 코드경로 및 컴파일 에러
1. 데이터 경로 설정 문제
# read in patch clamp data
datadf<-read.csv(datafile)
datadf<-datadf[datadf$drug==drug,]
datadf<-datadf[with(datadf,order(drug,conc,channel)),]2. IC50_mcmc.R을 컴파일을 한 후 발생하는 에러
[Error example 1]
-에러와 관련된 R 코드 부분
#--- required argument
if(is.null(args$drug)) stop("Missing drug argument!")
drug<-args$drug - 컴파일 결과
> #--- required argument
> if(is.null(args$drug)) stop("Missing drug argument!")
에러: Missing drug argument!
> drug<-args$drug
[Error example 2]
-에러와 관련된 R 코드 부분
# save samples to table
drugdir<-sprintf("results/%s/",drug)
system(paste0("mkdir -p ",drugdir)) -컴파일 결과 발생하는 에러
> # save samples to table
> drugdir<-sprintf("results/%s/",drug)
> system(paste0("mkdir -p ",drugdir))
/Rtools/bin/mkdir: missing operand
Try '/Rtools/bin/mkdir --help' for more information.
[1] 1
문의사항
- 데이터 경로 설정 문제 :
- datadf<-read.csv(datafile)라고 나타내고 있지만, datafile 경로에 어떤 파일을 포함해야 하는지 모르겠습니다. 명확한 파일명을 알려주셨으면 합니다.
- IC50_mcmc.R을 컴파일을 한 후 발생하는 에러 문제:
- 위에서 언급한 '2. [Error example 1]과 [Error example 2]' 부분과 관련한 에러는 read.csv(datafile)에 명확한 데이터 경로를 제시하지 않아 발생한 에러인 것 같습니다. 만약 문제가 다른 원인에 있다면, 해결방법을 알려주시기를 부탁드립니다.
Originally posted by @platanus-study in #1 (comment)