Issue 2 - AP_simulation 폴더에 포함된 AP_simulation.R 컴파일 에러

[platanus-study]

며칠 전에 github/CiPA/FDA에 올린 내용이지만, 다시한번 질문드립니다.

• 'Error in sprintf("%s not found! Interpreting dose as nanomolar concentrations.")'의 에러에 관련한 상세 내용

   -Command used in Rstudio terminal tab-
  
   Rscript AP_simulation.R -d drug1 -x "1-10,15,20,25" --cmaxfile="my_cmax_table.csv" --hergpath="path/to/herg/results/" --hillpath="path/to/hill/results/"-
  
  
   -컴파일 결과 발생하는 에러
  
   loaded via a namespace (and not attached):
   [1] compiler_3.6.3 getopt_1.20.3
   Error in sprintf("%s not found! Interpreting dose as nanomolar concentrations.") :
  
   Calls: print -> sprintf
  
   -에러와 관련된 R 코드 부분(AP_simulation.R)
  
  #--- get therapeutic concentration (Cmax)
      if(drug=="control"){
        cmax<-0
      }else{
      if(!file.exists(cmaxfile)){
        cmax<-1
       print(sprintf("%s not found! Interpreting dose as nanomolar concentrations."))
      }else{
      drugtable<-read.csv(cmaxfile)
      cmax<-drugtable[as.character(drugtable$drug)==drug,"therapeutic"] # should be in nanomolar
      if(length(cmax)==0){
       cmax<-1
       print(sprintf("Cmax undefined, interpreting dose as nanomolar concentrations."))
      }else if(length(cmax)==1){
       print(sprintf("Cmax set to %g nM, interpreting dose as multiples of Cmax.",cmax))
      }else{
        stop("Multiple entries for %s therapeutic concentration!",drug)
      }
    }
   }
  

• 문의사항
  [1] 한교수님께서 며칠 전에 언급하셨을 때, 스크립트만 테스트를 하고 실험 데이터가 없다면, command를 실행할 필요가 없다고 하셨습니다. 비록, 제가 cmax.csv파일을 가지고 있지않지만, 저는 꼭!! cmax.csv 샘플 파일을 이용하여 테스트를 하고 싶습니다. 혹시 한교수님께 cmax 샘플파일을 얻을 수 있는지요? 아니면 제가어떤 경로로 cmax.csv 데이터를 얻을 수 있는 방법을 알려주시기를 부탁드립니다.

그리고 위의 문의사항과 관련이 없지만, 한교수님께서 Issue 1에서 언급하신대로 CiPA 코드를 재현하기 위하여 shell (cmd)에서 Rscript 를 사용하여 실행해야 한다고 하셨는데, 제가 shell 기반에서 command를 실행한 후 발생되는 에러를 찾고자 R파일을 살펴보게 되었고.. 컴파일을 해보게 되었습니다. 한교수님께서 언급하신 것처럼 주의하면서 CiPA 코드를 재현해보겠습니다.

[shanmdphd]

사실 말씀하신 샘플 파일은 --cmaxfile="my_cmax_table.csv" 에 들어갈 파일을 말씀하시는 것이지요? 이건 기존파일(data/CiPA_training_drugs.csv)을 일부 잘라내어 저장하셔서 사용하시면 됩니다. 아래와 같이 12개 약물에 대해 therapeutic Cmax 가 정의되어 있습니다.

Rscript AP_simulation.R -h

위 명령어를 치시면 아래와 같은 도움말이 나오는데요 입력하는 자료의 default 값에 해당하는 파일이 표시되어 있습니다. 이 default 파일을 열어서 살펴 보시면 어떻게 코드를 짜면 될지 아이디어를 얻을 수 있을 것입니다.

임채헌 교수님과는 오랜 기간 EDISON과제를 함께 진행하고 있으니, 궁금하신 점은 얼마든지 물어보시고 도움 주고 받을 수 있을 것입니다. 마침 EDISON 5,6차년도는 CiPA에 대한 작업이 이루어져야 하니까요.

선생님을 이 저장소에 collaborator로 추가하였으니 함께 Wiki 를 채워가도 좋을 것 같아요!