Я писал об аналогичной проблеме с полем contact в https://github.com/retailcrm/api-client-php/issues/228
Та же самая проблема, но с company. Нужно заменить следующим блоком в /src/Model/Entity/Orders/Order.php
/**
* @var \RetailCrm\Api\Model\Entity\CustomersCorporate\EntityWithExternalIdInput
*
* @jms\Type("RetailCrm\Api\Model\Entity\CustomersCorporate\EntityWithExternalIdInput")
* @jms\SerializedName("company")
*/