生態学における統計モデリング（入門）

Rを使った統計モデリングに関する各種情報をまとめます

RStan

• StanをRに実装したもの。 http://qiita.com/uri/items/2fd051c18a148f7d2a35 に記事を書いたの参考

実行例

モデルを記述する.rstanという拡張子のファイルとstan実行のための.Rファイルを用意する（必ずそうしなければいけないというわけでなく、Rファイル単体にモデルを記述することもできるが、メンテナンスなどの理由から個別のファイルにすることを勧める）。

stanファイルの構造

https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started にある8schools.stanとrats.stanを見てみましょう。.stanファイルは次のような構造を持っていることがわかります

• data
• parameters
• transformed parameters
• model
• generated quantities

手続き型と呼ばれます。

Rでのstanの実行

library(rstan)
model <- stan_model() # モデルファイルの読み込み

ドキュメント

公式ページに各種ドキュメントがあるのでどうぞ

• Manual
• Example